夜ごと学園に現われていた『夜の世界』は崩壊し『夜の生徒』たちは消え去った。 20年前に起こった学園での火事が、すべての原因ではないかと考える主人公たちは、『夜の生徒』として消えた仲間と再会するためにも、事件の詳細を調べ始める。 一方、姿を消していた学園長は、『夜の世界』を復活させるために密かに動き出した。 学園にまつわるすべての謎が、いよいよ明らかに。